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Première ministre au moment des faits, Agathe Uwilingiyimana figurait parmi les premiers responsables politiques pris pour cible au début du génocide contre les Tutsi. Les forces extrémistes cherchaient alors à éliminer les opposants politiques ainsi que les personnalités modérées susceptibles de s’opposer à leur projet.

Selon le récit présenté en septembre 2004 devant le Tribunal pénal international pour le Rwanda (TPIR) à Arusha par un témoin protégé, une liste de personnalités politiques à assassiner avait été préparée par des proches de la famille Habyarimana et de hauts responsables de l’ancien régime.

Cette liste comprenait notamment Agathe Uwilingiyimana, Landouald Ndasingwa, Frédéric Nzamurambaho, ainsi que d’autres responsables politiques.

Le témoin a affirmé que cette liste avait été établie par Agathe Kanziga, épouse du président Habyarimana, leur fille Jeanne Habyarimana, Protais Zigiranyirazo et le major Protais Mpiranya.

Toujours selon ce témoignage, Protais Mpiranya avait ensuite reçu l’ordre de déployer des éléments de la Garde présidentielle afin de procéder à l’assassinat des personnalités figurant sur cette liste.

Un rapport classifié de la “Central Intelligence Agency” (CIA) américaine indique qu’Agathe Uwilingiyimana a tenté de trouver refuge à la résidence du chef adjoint de mission de l’ambassade des États-Unis au Rwanda. Après avoir entendu des tirs près de son domicile, elle a toutefois été contrainte de quitter les lieux.

Le matin du 7 avril 1994, l’ambassadeur des États-Unis au Rwanda, David Paul Rawson, a indiqué qu’elle avait ensuite tenté de rejoindre le siège du Programme des Nations unies pour le développement (PNUD) afin d’y trouver protection.

Elle a cependant été interceptée par des membres de la Garde présidentielle, qui l’ont assassinée.

Quelques semaines plus tard, le 27 avril 1994, Matthieu Ngirumpatse, alors secrétaire général du Mouvement républicain national pour la démocratie et le développement (MRND), le parti au pouvoir, et Justin Mugenzi, alors ministre du Commerce, ont animé une conférence de presse au cours de laquelle Ngirumpatse est revenu sur les circonstances de la mort de la Première ministre.

Il a affirmé que les anciennes forces gouvernementales accusaient Agathe Uwilingiyimana de préparer un coup d’État contre le président Habyarimana peu avant la mort de ce dernier.

« Deux jours auparavant, la Première ministre avait convoqué plusieurs hauts responsables militaires et leur avait fait part de son projet de renverser le président », avait-il déclaré.

Ces accusations ont toutefois été rejetées par les proches d’Agathe Uwilingiyimana ainsi que par des rescapés du génocide contre les Tutsi, qui les considèrent comme faisant partie de la propagande utilisée par les autorités extrémistes afin de justifier l’assassinat des opposants politiques.

Par ailleurs, les filles du Dr Emmanuel Akingeneye, médecin personnel du président Habyarimana, ont déclaré ultérieurement aux enquêteurs belges que, lorsqu’elles avaient transporté le corps de leur père à la morgue de l’hôpital de Kanombe, le directeur général de l’établissement, Dr Laurent Baransaritse, avait ordonné que le corps d’Agathe Uwilingiyimana soit placé dans une salle distincte.

Elles ont également affirmé avoir entendu Jean-Luc Habyarimana, fils de l’ancien président, déclarer qu’il souhaitait tirer sur le corps d’Agathe Uwilingiyimana. Selon les informations dont elles disposaient, cette menace n’a toutefois pas été mise à exécution.

Agathe Uwilingiyimana est devenue Première ministre du Rwanda le 18 juillet 1993, après avoir exercé les fonctions de ministre de l’Éducation.

Membre du Mouvement démocratique républicain (MDR), un parti d’opposition critique à l’égard du régime de Juvénal Habyarimana, elle s’était distinguée par plusieurs réformes engagées dans le secteur de l’éducation.

En tant que ministre de l’Éducation, elle avait notamment remis en cause le système de quotas ethniques qui limitait l’accès à l’enseignement pour de nombreux élèves tutsi pourtant qualifiés. Cette réforme avait suscité une vive opposition parmi les responsables les plus radicaux du MRND.

Son engagement politique et son opposition aux positions des extrémistes ont fait d’elle l’une des premières personnalités visées lors du déclenchement du génocide contre les Tutsi, le 7 avril 1994.