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Selon lui, certaines pratiques de gestion des institutions publiques au Burundi resteraient influencées par des considérations ethniques, notamment dans l’attribution de certains postes au sein de l’appareil d’État, citant notamment le cas de l’Assemblée nationale, où certains sièges sont réservés aux Batwa.

S’exprimant le 27 mai 2026, Frédéric Gateretse Ngoga, qui travaille désormais au sein du Département des affaires politiques, de la paix et de la sécurité de l’Union africaine, a estimé qu’il était préoccupant qu’un pays assurant la présidence de l’organisation continentale soit confronté à de telles accusations.

« Il est regrettable de constater qu’au Burundi, des allégations de discrimination à l’encontre des Tutsi persistent. Ce pays assure actuellement la présidence de l’Union africaine. La reconnaissance de cette réalité est essentielle si l’on souhaite promouvoir la justice, la réconciliation et la dignité de tous », a-t-il déclaré.

Il a ajouté s’attendre à des réactions hostiles, tout en affirmant que cette problématique est bien connue au sein de la société burundaise. Selon lui, la reconnaissance et la lutte contre toute forme de discrimination sont indispensables pour consolider la paix et renforcer les relations entre les citoyens.

Cette polémique s’inscrit dans un contexte de tensions diplomatiques récurrentes, notamment autour de déclarations antérieures de la ministre des Affaires étrangères de la RDC, Thérèse Kayikwamba Wagner, qui avait évoqué l’existence supposée d’un génocide contre les Hutu au Burundi en 1994, une affirmation contestée par plusieurs responsables, dont M. Ngoga.

Ce dernier avait alors réaffirmé que les Hutu du Burundi ne pouvaient pas avoir été victimes d’un génocide à cette période, le pays étant dirigé par un président hutu.